У плані та об’ємно просторовому рішенні відбудованого храму був яскраво виражений стиль традиційного українського зодчества: втіленого в камені хрещатого, однокупольного храму. Перекриття храму і надалі залшалося дерев’яним. Невдовзі, внаслідок пожежі на Подолі Свято- Миколаївський храм сильно постраждав. Поруйнованим він простояв до середини XVIII ст. і лише 1752 року коштами парафіян було зроблено капітальний ремонт. 1811 року храм святого Миколая зазнав ще однієї трагедії: чергова пожежа на Подолі сильно поруйнувала храм. Проте цього разу храм набагато швидше постав із попелу. До 1820 року його було повністю відроджено і постав він у ще більшій красі та збагатившись у середині чудовими розписами та мурованим іконостасом.

Наступне запустіння спіткало храм через століття і вже цього разу храм розділив гірку чашу комуністичного плюндрування не лише із сусідніми храмами Подолу, а всієї України. По довголітньому запустінню храму правлячою радянською владою було вирішено використати святиню для господарських цілей і з 1975 року він став слугувати складом для «укр. книг торгу». Із 1981 року розпочалося переобладнання храму під приміщення для театру поезії і лише пошкодження фундаменту грунтовими водами зашкодило черговому плюндруванню. Проминули роки державного атеїзму і на початку 90х років у Миколаївському храмі знову почали звершувати богослужіння. 17 травня 2001 року відбулося освячення храму Святійшим Патріархом Київським і всієї Руси-України Філаретом. Так разом із духовним  відродженням народу відродився Свято- Миколаївський храм і як належало постав він у світлому, оновленому вигляді. Маштабна відбудова почалася при теперішньому настоятелі храму протоієрею Олегу Маланяку. Реставраційні роботи на стінних розписів виконувалися групою українських художників реставраторів, очоленою відомим художником сучасності М. А. Стороженком. Нині у храмі звершуються таїнства і кожен християнин, переступаючи поріг святині потрапляє у особливий світ духовної гармонії.